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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出大量的生物学几丁质酶，比如抗肿癌和抗虫毒意义。常常，三萜是用甲羟戊酸途经镶嵌的，并从非人工绿色植物和病菌中去除。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上收录了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查医学论文。该调查遇到三萜类有机物野生灵芝粉酸（GA）是借助固态培育的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物工程应用造成的。进行转录组和蛋清质组学新技术工艺进两步探秘无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT造成每种野生灵芝粉酸（GA）的策略，并依照多个学新技术工艺检则到的不同染色体和不同蛋清，推算DHT 海洋生物工程炼制 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和用途等级分类

经过对无柄虫草白色念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共获得67230个转录本和1429八个单人类表观遗传。在这样的单人类表观遗传中，496个被技术鉴定为对比体现人类表观遗传（DEGs），进来213个体现上浮，279个体现上涨（图1A）。GO含有进行研究后，DEGs有生物技术方式（BP）、生殖组织成分表（CC）和团伙用途（MF）3类。在BP门类中，突然出现了前4个子门类：抗菌素转换分解分泌方式，冰醋酸盐分解分泌方式和甲酸盐分解分泌方式;而在CC门类中，生殖组织外区、突触黏结体、突触设备构造是前4个亚类。我们对MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、脱色恢复原酶活力和酸氨（或酰胺）衔接酶活力是前4个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG径路进行研究中，前30条含有度最大的径路中含27条是一种分解分泌，进来甲烷气体分解分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分解分泌、丙酸盐分解分泌走势径路差异性含有（图1D）。

图1|转录多组分析和的功能总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄灵芝粉细菌菌丝体做出脂肪酸酶质组学具体解析，共分制定了16,457种独有肽、2606种脂肪酸酶质和2588种降钙素原检测脂肪酸酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立要求下，我在这2606种脂肪酸酶质中，94种被评定为地域地域差异呈现脂肪酸酶（DEPs），中间52种调整，42种降低（图2A），图2C屏幕上显示信息信息了地域地域差异呈现脂肪酸酶的聚类算法具体解析热图。从GO具体解析看来，BP种类屏幕上显示信息信息，很诸多DEPs操作醋酸钠盐癌人体受损内部基础消化吸收环节、四环素葡萄糖腐蚀癌人体受损内部基础消化吸收环节和用量葡萄糖腐蚀癌人体受损内部基础消化吸收环节。CC类DEPs在癌人体受损内部外区、过腐蚀物酶体和微体中总额是非常高的，腐蚀抹除酶化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化在MF类中DEPs的基数是非常高的（图2B）。与转录组结杲相仿，KEGG预警环路具体解析屏幕上显示信息信息，诸多DEPs在癌人体受损内部基础消化吸收中丰度，中间3条最丰度的条件是光合生物学学中的碳确定、碳癌人体受损内部基础消化吸收和MAPK预警预警环路（图2D）。还有就是，根据具体解析GO数据资料库的CC对DEPs做出亚癌人体受损内部追踪定位具体解析和注音（图2E），DEPs关键生长在癌人体受损内部质（40.66%）、癌人体受损内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs生物学学提炼的关键地址。

图2|球膳食纤维组的定量分折分折和功能模块安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物和转化了和剖析组得票数DEGs和DEPs制做了维恩图，有20个区别抒发遗传什么是dna（图3A）。对转录组和球高淀粉酶组中E组和C组通用的DEGs/DEPs进行聚类数据阐述数据阐述，会发现mRNA和球高淀粉酶区间内有14个上浮遗传什么是dna和4个上涨遗传什么是dna，DEGs两者彼此翻意的DEPs抒发的水平呈正想关，通过Pearson的想关指数公式数据阐述，在转录组和球高淀粉酶组区间内查测到比较较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验效果信息显示，E组和C组13个DEGs的抒发水平面差别的偏态，当中9个为调整DEGs，二个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发发展趋势与转录类物质析效果不符。

图3|核营养素组的化学发光法定量分析和特点查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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