代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
电学好分判定会：新陈新陈代谢组学能力能对中成药中的电学电学好分参与逐步浅析，判定会出补品中的特异性酶类电学好分。这类，借助研究背景质谱（MS）的新陈新陈代谢组学能力，能够判定会出山参中的山参皂苷等特异性酶类电学好分。这样能力还能够差别入药和非入药区域的电学标志物，为中成药的效果的控制带来重要依据。
服务質量管理掌控：在新陈排泄转化组学技术水平，就能够 对中西药的服务質量管理实行评价和掌控。假如，回收利用沉水绿色植物新陈排泄转化组学具体分析，就能够 规划设计采取类骨质增生性髋风湿病的中西药组分的服务質量管理标注的酶联免疫法的办法。前者，新陈排泄转化组学还就能够 辨别的中西药中的致毒组分和其致毒体系，如在UPLC-Q-TOF-MS论述，分各不相同乌头沉水绿色植物的化学反应组分，并辨别的有着镇疼几丁质酶和慢性致毒的海洋生物碱。
2. 中药药效机制研究
用途靶点辨认：分泌组学技木能够 有所帮助辨认成药化学活化部分的团伙靶点。举例，探讨看到雷公藤红素可在控制Treg/TH1和Treg/Th17稳定性、传导NF-κB环路等考核机制发挥出来免疫抑制用途。
用机能化论述：排泄率组学系统也应该探求成药的治疗问题的用机能化。举例，论述察觉青蒿素耐药肺结核与疟原虫的线粒体排泄率变换有关系，非靶向治疗排泄率组学探求了与该期间涉及到的排泄率物转变 。还有就是，排泄率组学还应该可以通过数据分析排泄率物的转变 ，论述成药复方的用机能化。
3. 中药安全性评价
渗透性原则科学探索：细胞消化吸收组学技術能够用以科学探索药材的渗透性原则。这类，使用细胞消化吸收组学和16S rDNA测序的聚合定量分析，体现了清益汤对危重症慢性膀胱胰腺炎各种相关慢性膀胱肺断裂的保護原则，并来确定了铁镇定、差别的细胞消化吸收物和生物制品菌群直接的原因。
卫生性估评：分泌组学技术水平还行采用西药的卫生性估评，自动识别潜在性的毒素组分和毒素靶点，因而为西药的卫生便用供给合理原则。
4. 中医证候研究
证候涉及到分解物剖析：分解组学技术工艺就能够用以定性分析与医学证候涉及到的内源性分解物转变 ，辅助性医学证候的物理诊断和认知。随后，经过分解组学研究探讨，已在冠烦扰之处病患中监定出与痰瘀证随和阴两虚证涉及到的生物体象征物。
证候行为矫正实验：分泌组学技能还可用作实验中药方对中医药证候的行为矫正视觉效果。举列，经由分泌组学技能及聚类算法分折法，发觉“黄芪-茯苓-泽泻”等联系用药选用适用人群作肾病标准化征的新组方用药，还可以对好几种肾病标准化征涉及到的海洋生物标签物制造影响力。
5. 多组学技术整合应用
几组学合并：新陈代谢组学与许多组学枝术（如染色体组学、转录组学、球营养化合物组学等）的合并选用，为中葯科研可以给予新一个多特点的剖析整体布局完成后。在这种合并选用不但挖深了我们都对中葯含量在氧分子层面所进行上对体内生理上和病理学状态下的直接影响，可是为体现中葯的用工作机制和药性化合物知识基础可以给予了强有利的方法。
的消化道疾病诊治逻辑：几组学技能不错用以研究方案中药方诊治的消化道疾病的团伙逻辑。举例子，用球蛋白质组学和产生组学的联和运用，证明了与中医医生分类别的膝肘膝盖骨性肘膝盖炎增进相关联的一定的差异表达爱球蛋白质和产生通道。
代谢率组学水平在中成药配方分析中的适用，为中成药配方的当今很多家庭化和有目的医疗机构具备了最重要的生物学搭载，能够促进促进中成药配方的原则化和国际金化转型。