在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

学习然而

1、从光敏培养计划细胞膜中抽取DNA交连核苷酸质

是为了分割光热塑球高淀粉酶-DNA符合物主要在LC-MS定性定量分析，创作者设计打了个种退行纯化方式，可从DNA中洗去非说热塑球高淀粉酶，仅在的照射时借助随时遗传基因组使用含有DNA热塑球高淀粉酶。用TRIZOL提炼染色的质并洗去入狱获的非热塑球淀粉酶，以后将其之后溶解出来以使用RNase吸收。借助超声波裁切偶然所得球高淀粉酶热塑DNA的提炼物，在硫氰酸胍中蒸煮退行，并在二防氧化硅离心分离柱上激动洗洁以洗去非说热塑球高淀粉酶直进行。借助核酸酶治疗从DNA中释放出光热塑球淀粉酶，并使用胰球淀粉酶酶吸收主要在LC-MS定性定量分析。该方案名称为球高淀粉酶热塑DNA提炼或XDNAX。

图1.核脂肪酸热塑DNA截取或XDNAX流量图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可可以直接玩DNA的核营养素图谱

将光交连手段使用于MCF7组织细胞系，表明了1,805种侯选人淀粉酶，在当中1,191种会存在于3个或更加多次相似中。60%的DNA互为的作用组有点核酸切合的GO注解，在匮乏核酸切合注解的淀粉酶质中，较大的业绩产自核纤层淀粉酶，次之是进入染色剂质团体和组织细胞系分化的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可可以直接接受 DNA 的胆固醇质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA之间目的组所暗含的血清质-DNA操作界面十分是指的核苷酸化学交联肽。这包涵因为（1）球状DNA相根据实际节构域、（2）DNA 相根据实际周期性区（IDR）和（3）因为与别的血清质（举个例子组血清相根据实际血清）、RNA（举个例子剪接要素）或相溶合区室（举个例子核仁血清）之间目的而致使的周围环境介于。

图3 . 可进行接受 DNA的的结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析生殖细胞扰动前三天与DNA结合实际的转录细胞

雌抗生素感觉α（ESR1）驻流进胞质溶胶中，到遭到其配体，晕人易位到肿瘤人体组织质，在绿中岛别墅它与人类基因组中的单一位置紧密结合以更改密码单一的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7肿瘤人体组织露出于高摄入量雌抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4五min，与模拟仿真整理的对比肿瘤人体组织很他们的DNA双方之间效应组（图4A）。在这其中，雌抗生素激刺后DNA双方之间效应组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个参考值的球淀粉酶质含量-DNA双方之间效应中，约有9%呈现出超过了2倍的正相关变迁，并查看到与ESR1更具双方之间效应的球淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 性激素药治理 乳线癌组织 DNA 间接的功效组的参考值有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

深入分析进人遗传基因遗传组的胆固醇质以询问它是怎样才能被读并付诸应用的，持续是科研开发人工一款暂时的追求理想。遗传基因遗传组可及性常见以DNA为基地的方向角实行深入分析，所以，到到目前截止截止，固色质凝胶的反应中的什么胆固醇质与DNA 形成力学充分反应尚不明白。安全使用零距里光化学交联，可发现了DNA充分反应组中的通常数胆固醇质，XDNAX技艺将做为胆固醇质-DNA充分反应深入分析的整体实力强大软件工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、突显组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

关联性医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.